Abstract (deu)
Im Institut für veterinärmedizinische Untersuchungen Mödling der österreichischen Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit (AGES) wurden im Zeitraum von 1995 – 2010 insgesamt 97 Francisella tularensis spp. holarctica Biovar II Stämme aus unterschiedlichen Regionen Österreichs isoliert und gesammelt. Die Isolate stammen aus 3 verschiedenen Spezies (Hase, Rotfuchs und Mensch) und wurden in dieser Arbeit mittels einer VNTR-Analyse anhand 6 verschiedener Marker miteinander verglichen. Anschließend wurde der Simpson´s Diversitätsindex der Marker berechnet.
Dafür wurden 6 Abschnitte des Francisella Genoms, bestehend aus den Markern M3, M6, M20, M21, M22 und M24 mittels einer Real-time PCR mit SYBR-Green I-Detektion auf dem LightCycler 480® amplifiziert und die Amplifikate, nach dem Aufreinigen über Silicagel-Säulchen, mit dem Dye Terminator-Verfahren sequenziert. Diese Sequenzierungsprodukte wurden anschließend mittels Kapillarelektrophorese aufgetrennt, detektiert und mittels der Software „Bionumerics Version 6.5.“ (Applied Maths) ausgewertet.
Schlussendlich wurde eine Clusteranalyse von Charakterdaten mittels einem kategorischen Similaritätskoeffizienten und der Neighbor Joining Methode erstellt und eine Multidimensionale Skalierung für eine bessere Übersicht generiert.
Die VNTR-Analyse der 97 Francisella tularensis ssp. holarctica Biovar II Isolate ergab 17 unterschiedliche Genotypen, was zeigt, dass diese Analyse zur Strangdiskriminierung von Isolaten gleicher Subspezies sehr geeignet ist. Es waren bereits im Untersuchungszeitraum von 1995 - 1997 insgesamt 11 der 17 Genotypen vorhanden, was auf eine Verbreitung des Erregers innerhalb von Österreich in Form von kleinen, zahlreichen, voneinander unabhängigen Naturherden (Hotspots) hindeutet.
Die Berechnung des Simpson´s Diversitätsindex hat ergeben, dass M6 mit einer Diversität von 0,62 und einer Anzahl von 6 unterschiedlichen Allelen, dicht gefolgt von M3 mit einer Diversität von 0,54 und einer Allelanzahl von 5 den höchsten Diversitätsindex innerhalb der Isolate hat.