Title (eng)
The role of GATA6 in the molecular phenotypes of PDAC
Parallel title (deu)
Die Rolle von GATA6 in den molekularen Phänotypen von duktalen Adenokarzinomen des Pankreas
Author
Vivien-Sandra Ionasz
Advisor
Verena Dirsch
Assessor
Verena Dirsch
Abstract (deu)
Bei der Behandlung von Bauchspeicheldrüsenkrebs, bei dem die Fünfjahresüberlebensrate immer noch unter 5% liegt, wurden keine großen Fortschritte innerhalb der letzten Jahrzehnte erzielt. Der Transkriptionsfaktor GATA6 wurde mit dem klassischen Subtyp des duktalen Adenokarzinoms der Bauchspeicheldrüse (PDAC) in Verbindung gebracht, und es wurde beobachtet, dass die aggressiveren Subtypen niedrigere Expression an GATA6 aufwiesen. ΔNp63, eine tumorfördernde kurze Isoform des Tumorproteins TP63, wurde mit dem basalähnlichen Subtyp und den ihn begünstigenden epigenetischen Veränderungen in Verbindung gebracht. Diese Studie zielt darauf ab, die Beziehung zwischen GATA6 und ΔNp63 im Kontext der molekularen Phänotypen aufzuklären. Die mögliche Rolle von GATA6 bei der Regulation der Epigenetik sollte untersucht werden. Außerdem sollte untersucht werden, ob GATA6 den ΔNp63-getriebenen basalen Phänotyp in PDAC hemmt. Basierend auf zwei GATA6-überexprimierenden Zelllinien und einem Knockdown-Modell wurden die Veränderungen der Protein- und Genexpression, der Proliferation, der Migration, der Invasion sowie der Chromatinlandschaft analysiert. In einem der Überexpressionsmodelle, nämlich der BxPC-3-Zelllinie, war GATA6 in der Lage, ΔNp63 und einen Teil des basalähnlichen Programms runter zu regulieren, es wurde jedoch kein Zusammenhang mit epigenetischen Veränderungen festgestellt. Interessanterweise wurde auch eine Diskrepanz zwischen dem basalartigen Subtyp und dem EMT beobachtet, was darauf hindeutet, dass es sich um zwei verschiedene Konzepte handelt. Basierend auf diesen Ergebnissen können wir mit zwei von drei Modellen schließen, dass GATA6 und ΔNp63 eine indirekt proportionale Beziehung haben. Die Kontextabhängigkeit müsste jedoch weiter untersucht werden, da die GATA6-Überexpression in L3.6pl-Zellen stattdessen einen Anstieg von ΔNp63 aufwies.
Abstract (eng)
No big advances have been made in the treatment of pancreatic cancer, which still has a five-year survival rate lower than 5%, during the last decades. The transcription factor GATA6 was linked to the classical subtype of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) and the more aggressive subtypes were observed to have lower GATA6 expression levels. ΔNp63, a short isoform of the tumor protein TP63 which acts tumor-promoting, was linked to the basal-like subtype and to epigenetic changes favoring it. This study aims to elucidate the relationship between GATA6 and ΔNp63 in the context of the molecular phenotypes. The possible role of GATA6 in the regulation of epigenetics should be explored, in addition to analyzing whether GATA6 inhibits the ΔNp63-driven basal phenotype in PDAC. Based on two GATA6-overexpressing cell lines and one knockdown model, the alterations in protein and gene expression, proliferation, migration, invasion as well as chromatin landscape were evaluated. In one of the overexpression models, namely the BxPC-3 cell line, GATA6 was able to downregulate ΔNp63 and a part of the basal-like program, however, no association to epigenetic changes were established. Interestingly, also a discrepancy between the basal-like subtype and EMT was observed, suggesting that these are two different concepts. Based on these results we can conclude with two out of three models that GATA6 and ΔNp63 have an indirectly proportional relationship. However, context-dependency would need to be further investigated since the GATA6-overexpression L3.6pl cells showed an increase in ΔNp63 instead.
Keywords (eng)
GATA6PDACpancreatic ductal adenocarcinomamolecular phenotypesmolecular subtypesDNp63ΔNp63cancer researchChIP-qPCR
Keywords (deu)
GATA6PDACduktales Adenokarzinom des Pankreasmolekulare Phänotypenmolekulare SubtypenDNp63ΔNp63KrebsforschungChIP-qPCR
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
Extent (deu)
57 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Number of pages
57
Study plan
Masterstudium Drug Discovery and Development
[UA]
[066]
[606]
Association (deu)
Title (eng)
The role of GATA6 in the molecular phenotypes of PDAC
Parallel title (deu)
Die Rolle von GATA6 in den molekularen Phänotypen von duktalen Adenokarzinomen des Pankreas
Author
Vivien-Sandra Ionasz
Abstract (deu)
Bei der Behandlung von Bauchspeicheldrüsenkrebs, bei dem die Fünfjahresüberlebensrate immer noch unter 5% liegt, wurden keine großen Fortschritte innerhalb der letzten Jahrzehnte erzielt. Der Transkriptionsfaktor GATA6 wurde mit dem klassischen Subtyp des duktalen Adenokarzinoms der Bauchspeicheldrüse (PDAC) in Verbindung gebracht, und es wurde beobachtet, dass die aggressiveren Subtypen niedrigere Expression an GATA6 aufwiesen. ΔNp63, eine tumorfördernde kurze Isoform des Tumorproteins TP63, wurde mit dem basalähnlichen Subtyp und den ihn begünstigenden epigenetischen Veränderungen in Verbindung gebracht. Diese Studie zielt darauf ab, die Beziehung zwischen GATA6 und ΔNp63 im Kontext der molekularen Phänotypen aufzuklären. Die mögliche Rolle von GATA6 bei der Regulation der Epigenetik sollte untersucht werden. Außerdem sollte untersucht werden, ob GATA6 den ΔNp63-getriebenen basalen Phänotyp in PDAC hemmt. Basierend auf zwei GATA6-überexprimierenden Zelllinien und einem Knockdown-Modell wurden die Veränderungen der Protein- und Genexpression, der Proliferation, der Migration, der Invasion sowie der Chromatinlandschaft analysiert. In einem der Überexpressionsmodelle, nämlich der BxPC-3-Zelllinie, war GATA6 in der Lage, ΔNp63 und einen Teil des basalähnlichen Programms runter zu regulieren, es wurde jedoch kein Zusammenhang mit epigenetischen Veränderungen festgestellt. Interessanterweise wurde auch eine Diskrepanz zwischen dem basalartigen Subtyp und dem EMT beobachtet, was darauf hindeutet, dass es sich um zwei verschiedene Konzepte handelt. Basierend auf diesen Ergebnissen können wir mit zwei von drei Modellen schließen, dass GATA6 und ΔNp63 eine indirekt proportionale Beziehung haben. Die Kontextabhängigkeit müsste jedoch weiter untersucht werden, da die GATA6-Überexpression in L3.6pl-Zellen stattdessen einen Anstieg von ΔNp63 aufwies.
Abstract (eng)
No big advances have been made in the treatment of pancreatic cancer, which still has a five-year survival rate lower than 5%, during the last decades. The transcription factor GATA6 was linked to the classical subtype of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) and the more aggressive subtypes were observed to have lower GATA6 expression levels. ΔNp63, a short isoform of the tumor protein TP63 which acts tumor-promoting, was linked to the basal-like subtype and to epigenetic changes favoring it. This study aims to elucidate the relationship between GATA6 and ΔNp63 in the context of the molecular phenotypes. The possible role of GATA6 in the regulation of epigenetics should be explored, in addition to analyzing whether GATA6 inhibits the ΔNp63-driven basal phenotype in PDAC. Based on two GATA6-overexpressing cell lines and one knockdown model, the alterations in protein and gene expression, proliferation, migration, invasion as well as chromatin landscape were evaluated. In one of the overexpression models, namely the BxPC-3 cell line, GATA6 was able to downregulate ΔNp63 and a part of the basal-like program, however, no association to epigenetic changes were established. Interestingly, also a discrepancy between the basal-like subtype and EMT was observed, suggesting that these are two different concepts. Based on these results we can conclude with two out of three models that GATA6 and ΔNp63 have an indirectly proportional relationship. However, context-dependency would need to be further investigated since the GATA6-overexpression L3.6pl cells showed an increase in ΔNp63 instead.
Keywords (eng)
GATA6PDACpancreatic ductal adenocarcinomamolecular phenotypesmolecular subtypesDNp63ΔNp63cancer researchChIP-qPCR
Keywords (deu)
GATA6PDACduktales Adenokarzinom des Pankreasmolekulare Phänotypenmolekulare SubtypenDNp63ΔNp63KrebsforschungChIP-qPCR
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
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Type (deu)
Persistent identifier
Number of pages
57
Association (deu)
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