Bei der Anwendung von Standard Methoden für die Identifizierung und Quantifizierung von Proteinen, wie z.B. Western Blot (WB) Analyse oder ELISA, kann es auf Grund von unerwünschten Matrixeffekten zu verfälschten Ergebnissen kommen. Diese Effekte können die Robustheit, Sensitivität, Spezifität und Verlässlichkeit der Ergebnisse beeinträchtigen. Wir haben einen systematischen Vergleich von verschiedenen Methoden, welcher auf die Verwendung von Antikörpern und auf Massenspektrometrie basierenden Methoden durchgeführt, um die Vor- und Nachteile der jeweiligen Methoden und deren analytischen Grenzen festzustellen. Durch das Ausnützen der Vorteile beider Methoden, z.B. die hohe Sensitivität der Antikörper basierenden Methoden und die hohe Robustheit und Verlässlichkeit der MS-basierende Methoden, konnten bei deren Kombination die besten Ergebnisse erzielt. Diese Vorteile kommen besonders bei der Analyse von Proben mit komplexer Matrix zum Tragen.

The use of standard methods for the identification or quantification of proteins using Western blot (WB) analysis or ELISA may lead to unexpected results with respect to sensitivity, specificity, reliability and robustness, because of matrix effects. We have performed a systematic comparison of different antibody-based and mass spectrometry-based methods in order to assess their advantages and disadvantages, as well as specific limits of each of them. By the combination of the advantages of both types of methods, high sensitivity of antibody-based methods and high reliability and robustness of mass spectrometry-based methods, the best results were obtained particularly when dealing with samples containing complex matrices.