Title (deu)
Identifikation essentieller Gene in S. pneumoniae, S. aureus und H. influenzae
Author
Katja Balazs
Advisor
Angela Witte
Assessor
Angela Witte
Abstract (deu)
Die rasante Zunahme der Entwicklung neuer Resistenzen gegen die wichtigsten Antibiotikaklassen zur Behandlung pathogener Bakterien macht es notwendig, neue Wirkstoffziele zu bestimmen. Dabei ist auch zu achten, dass es keine Homologien mit H. sapiens Genen vorhanden ist. Das Vorhandensein von vielen durchsequenzierten Genomen macht es möglich, mittels bioinformatischer Analysen Cluster an homologen Proteinen zu bestimmen. Durch gezielte Deletion oder Disruption der entsprechenden Gene kann deren Essentialität zum Überleben des Keimes bestimmt werden.
Als geeignete Methode für die Bestimmung der Essentialität in S. pneumoniae und H. influenzae war die Allelic Replacement Methode (ARM), bei der das zu untersuchende Gen durch doppelte homologe Rekombination mit der 5‘- und 3‘-Flanke des Gens mit einer Antibiotikakassette ausgetauscht wurde. Die Deletionskonstrukte konnten einfach mittels Fusions-PCR hergestellt werden. Für S. aureus wurde die Insertions Disruption Mutagenesis (IDM) mittels temperatursensitiven Suizidvektor pAUL-A angewandt. Durch einen Temperaturshift von 30°C auf 42°C musste das Plasmid um überleben zu können ins das Genom integrieren. Durch einfache homologe Rekombination wurde das Zielgen auseinandergerissen. In S. pneumoniae wurden 220 Gene auf deren Essentialität hin untersucht, wovon 57 als essentiell eingestuft werden konnten. 63 von 202 untersuchten H. influenzae Gene konnten ebenfalls als essentiell eingestuft werden. Mittels. In S. aureus wurden insgesamt 36 Gene auf Essentialität untersucht. Bei 15 S. aureus Genen konnte diese gezeigt werden. Bei 4 weiteren Genen müssen noch alternative Methoden angewendet werden um deren Essentialität zu bestätigen.
Keywords (deu)
neue Wirkstoffzieleessentielle GeneS. pneumoniaeS.aureusH.influenzae
Subject (deu)
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
https://phaidra.univie.ac.at/o:1303983
rdau:P60550 (deu)
97 S. : Ill., graph. Darst.
Number of pages
101
Association (deu)
Title (deu)
Identifikation essentieller Gene in S. pneumoniae, S. aureus und H. influenzae
Author
Katja Balazs
Abstract (deu)
Die rasante Zunahme der Entwicklung neuer Resistenzen gegen die wichtigsten Antibiotikaklassen zur Behandlung pathogener Bakterien macht es notwendig, neue Wirkstoffziele zu bestimmen. Dabei ist auch zu achten, dass es keine Homologien mit H. sapiens Genen vorhanden ist. Das Vorhandensein von vielen durchsequenzierten Genomen macht es möglich, mittels bioinformatischer Analysen Cluster an homologen Proteinen zu bestimmen. Durch gezielte Deletion oder Disruption der entsprechenden Gene kann deren Essentialität zum Überleben des Keimes bestimmt werden.
Als geeignete Methode für die Bestimmung der Essentialität in S. pneumoniae und H. influenzae war die Allelic Replacement Methode (ARM), bei der das zu untersuchende Gen durch doppelte homologe Rekombination mit der 5‘- und 3‘-Flanke des Gens mit einer Antibiotikakassette ausgetauscht wurde. Die Deletionskonstrukte konnten einfach mittels Fusions-PCR hergestellt werden. Für S. aureus wurde die Insertions Disruption Mutagenesis (IDM) mittels temperatursensitiven Suizidvektor pAUL-A angewandt. Durch einen Temperaturshift von 30°C auf 42°C musste das Plasmid um überleben zu können ins das Genom integrieren. Durch einfache homologe Rekombination wurde das Zielgen auseinandergerissen. In S. pneumoniae wurden 220 Gene auf deren Essentialität hin untersucht, wovon 57 als essentiell eingestuft werden konnten. 63 von 202 untersuchten H. influenzae Gene konnten ebenfalls als essentiell eingestuft werden. Mittels. In S. aureus wurden insgesamt 36 Gene auf Essentialität untersucht. Bei 15 S. aureus Genen konnte diese gezeigt werden. Bei 4 weiteren Genen müssen noch alternative Methoden angewendet werden um deren Essentialität zu bestätigen.
Keywords (deu)
neue Wirkstoffzieleessentielle GeneS. pneumoniaeS.aureusH.influenzae
Subject (deu)
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
https://phaidra.univie.ac.at/o:1303984
Number of pages
101
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