Outer membrane vesicles in "Bordetella petrii"

Tina Mahdavian

doi:10.25365/thesis.30483

Title (eng)

Parallel title (deu)

Außenmembranvesikel in Bordetella petrii

Author

Tina Mahdavian

Advisor

Sylvia Hagemann

Assessor

Sylvia Hagemann

Abstract (deu)

Gram-negative Bakterien geben während ihres Wachstums spezielle Vesikel, die als Outer Membran Vesicles (OMVs) oder Membran-Vesicle-like Particles bezeichnet werden, ab. Diese Arbeit befasst sich mit den OMVs, welche vom Bakterium Bordetella petrii abgegeben werden, und zwar mit besonderem Fokus auf die Zeitspanne, in der die Partikel-Abgabe beginnt, auf die Morphologie der besagten Partikel sowie auf ihre DNA. Derzeit ist bekannt, dass vor allem marine Bakterien, die Großteils noch nicht identifiziert worden sind, OMVs mit großen, linearen DNAs zwischen 20-500 kbp produzieren. Basierend auf diesem Wissen wurde das Bakterium Bordetella petrii zwecks OMV-DNA-Isolierung kultiviert und in verschiedenen Stadien des bakteriellen Wachstums die OMVs mittels Filtration und Ultrazentrifugation von den Bakterien getrennt, um die DNA aus den Vesikeln zu extrahieren, zu klonieren und zu sequenzieren. Dafür wurde die extrahierte, hoch-molekulare DNA mechanisch fragmentiert und eine Shotgun-Library hergestellt. 43 Klone dieser Sequenzbibliothek wurden sequenziert und die Sequenzdaten wurden computergestützt ausgewertet.

Abstract (eng)

Gram-negative bacteria spontaneously release certain vesicles during their growth that are described as Outer Membrane Vesicles (OMVs) or Membrane Vesicle like Particle. This study focuses on the OMVs released by Bordetella petrii, with added attention to the timeframe in which the particle release is initiated by the organism, to the morphology of said particles as well as their DNA and its functionality Currently, it is known that marine bacterial strains – that are, for the most part unidentified – produce outer membrane vesicles containing a large, linear DNA (20 – 500kb). This knowledge inspired the cultivation of the bacterium Bordetella petrii for OMV isolation by utilizing filtration and ultracentrifugation at a variety of bacterial culture ages, while the DNA of the released particles was extracted and sequenced. For this, the extracted, high-molecular-weight DNA was mechanically fragmented and a shotgun library established. 43 clones of this library were sequenced and the sequences were computer-assisted analyzed.

Keywords (eng)

bacteriaBordetella petriimembrane vesicleshorizontal genetransfer

Keywords (deu)

BakterienBordetella petriiMembranvesikelHorizontaler Gentransfer

Subject (deu)

Subject (deu)

Subject (deu)

Type (deu)

Persistent identifier

https://phaidra.univie.ac.at/o:1304715

DOI

10.25365/thesis.30483

URN

urn:nbn:at:at-ubw:1-29433.82247.791153-1

URI

https://utheses.univie.ac.at/detail/27168

Extent (deu)

73 S. : Ill., graf. Darst.

Number of pages

79

Association (deu)

Fakultät für Lebenswissenschaften

Title (eng)

Outer membrane vesicles in "Bordetella petrii"

Parallel title (deu)

Außenmembranvesikel in Bordetella petrii

Author

Tina Mahdavian

Abstract (deu)

Gram-negative Bakterien geben während ihres Wachstums spezielle Vesikel, die als Outer Membran Vesicles (OMVs) oder Membran-Vesicle-like Particles bezeichnet werden, ab. Diese Arbeit befasst sich mit den OMVs, welche vom Bakterium Bordetella petrii abgegeben werden, und zwar mit besonderem Fokus auf die Zeitspanne, in der die Partikel-Abgabe beginnt, auf die Morphologie der besagten Partikel sowie auf ihre DNA. Derzeit ist bekannt, dass vor allem marine Bakterien, die Großteils noch nicht identifiziert worden sind, OMVs mit großen, linearen DNAs zwischen 20-500 kbp produzieren. Basierend auf diesem Wissen wurde das Bakterium Bordetella petrii zwecks OMV-DNA-Isolierung kultiviert und in verschiedenen Stadien des bakteriellen Wachstums die OMVs mittels Filtration und Ultrazentrifugation von den Bakterien getrennt, um die DNA aus den Vesikeln zu extrahieren, zu klonieren und zu sequenzieren. Dafür wurde die extrahierte, hoch-molekulare DNA mechanisch fragmentiert und eine Shotgun-Library hergestellt. 43 Klone dieser Sequenzbibliothek wurden sequenziert und die Sequenzdaten wurden computergestützt ausgewertet.

Abstract (eng)

Gram-negative bacteria spontaneously release certain vesicles during their growth that are described as Outer Membrane Vesicles (OMVs) or Membrane Vesicle like Particle. This study focuses on the OMVs released by Bordetella petrii, with added attention to the timeframe in which the particle release is initiated by the organism, to the morphology of said particles as well as their DNA and its functionality Currently, it is known that marine bacterial strains – that are, for the most part unidentified – produce outer membrane vesicles containing a large, linear DNA (20 – 500kb). This knowledge inspired the cultivation of the bacterium Bordetella petrii for OMV isolation by utilizing filtration and ultracentrifugation at a variety of bacterial culture ages, while the DNA of the released particles was extracted and sequenced. For this, the extracted, high-molecular-weight DNA was mechanically fragmented and a shotgun library established. 43 clones of this library were sequenced and the sequences were computer-assisted analyzed.

Keywords (eng)

bacteriaBordetella petriimembrane vesicleshorizontal genetransfer

Keywords (deu)

BakterienBordetella petriiMembranvesikelHorizontaler Gentransfer

Subject (deu)

Subject (deu)

Subject (deu)

Type (deu)