Genomische Prägung ist ein epigenetisches Phänomen, welches durch die monoallelische Genexpression von entweder dem mütterlichen oder dem väterlichen Allel charakterisiert ist. Geprägte Gene sind in Clustern organisiert und geprägte Genexpression in diesen Clustern ist oft von einer geprägten nicht kodierenden RNS (nkRNS) reguliert. Geprägte Genexpression ist des Weiteren oft gewebespezifisch und abhängig vom Entwicklungsstadium. Da bisher hauptsächlich proteinkodierende Gene und frühe Entwicklungsstadien untersucht wurden, ist wenig über geprägte Genexpression in adulten Geweben oder geprägte nkRNS bekannt. Die Ausnahme bilden hier die bekannten Hauptregulator-nkRNS der zuvor genannten Cluster. Die Experimente die in dieser Arbeit präsentiert werden sind Teil eines größeren Projekts, welches zum Ziel hat geprägte Genexpression von proteinkodierenden Genen und nicht kodierenden RNS in acht Geweben von adulten Mäusen zu untersuchen. Dies wurde in reziproken Kreuzungen zwischen den Mausstämmen Cast/EiJ und FVB/NJ durchgeführt. Da es relativ teuer wäre diese Analyse durch Sequenzieren des gesamten Transkriptoms durchzuführen, wurde eine auf PCR basierende Methode entwickelt um nkRNS und bekannte geprägte protein-kodierende Gene zu untersuchen. Zu diesem Zweck wurde ein Skript implementiert welches das zeiteffiziente Design von Primern für diese Experimente ermöglicht. Die Amplikons wurden mittels RNS Sequenzierung der nächsten Generation sequenziert. Die Resultate zeigten, dass die Sequenzierung der Amplikons gut funktionierte und die Reproduzierbarkeit der Resultate zwischen den biologischen Replikaten hoch war. Die Daten zeigten außerdem dass beinahe alle splice junctions der nkRNS Exonmodelle validiert werden konnten. Die Mehrheit der SNP Positionen war tief genug sequenziert, so dass sich diese Daten gut für die Analyse von geprägter Genexpression eignen werden.

Genomic imprinting is an epigenetic phenomenon characterized by monoallelic epression of genes in a parent-of-origin specific fashion. Imprinted genes are mostly organised in clusters and imprinted expression in these clusters is often regulated by an imprinted non-coding RNA (ncRNA). Imprinted expression is often tissue specific and dependent on the developmental stage. Since so far mainly protein coding genes and early developmental stages were studied little is known about imprinted expression in adult tissues and imprinted ncRNAs, with the exception of the main regulators in imprinted clusters. The work presented in this thesis is part of a larger effort to evaluate the imprinting status of both known imprinted protein-coding genes and novel long ncRNAs in eight adult tissues of the mouse. This was done in reciprocal crosses of two mouse strains. As this would be quite cost intensive to do by whole transcriptome sequencing I implemented a targeted PCR based approach for the analysis of 96 amplicons for protein-coding and 71 amplicons for ncRNAs. I implemented a script to allow time efficient design of primers for SNP (single nucleotide polymorphism) covering amplicons. Amplicons were sequenced using massive parallel sequencing. The results showed that the amplicons were well covered with high reproducibility among biological replicates and that almost all of the splice junctions of the long ncRNA exon models could be validated. Coverage of SNPs was high on average so the results produced in this study will be a good dataset for the analysis of imprinted expression in adult tissues.