Title (eng)
Establishment of a shotgun lipidomics platform
Parallel title (deu)
Die Einrichtung einer Shotgun Lipidomics Methode
Author
Florian Prodinger
Advisor
Christopher Gerner
Assessor
Christopher Gerner
Abstract (deu)
Lipidomics ist eine relativ neue wissenschaftliche Disziplin, der Term wurde 2003 das erst mal verwendet und wird seither benützt um Experimente zu beschrieben, die das Ziel haben die Lipid Zusammensetzung einer Probe zu analysieren. Seit den ersten großen Omics-Projekten, wie dem human genome project oder dem human proteome project, ist Bioinformatik ein wichtiger Teil der Bioanalytik geworden. Viele behaupten, dass die Informatik ein Engpass der modernen Omics-Wissenschaften ist, alleine wegen den riesigen Datenmengen die von modernen Analysemethoden, besonders der Massenspektrometrie, erzeugt werden. Die Notwendigkeit für neue Informatikkonzepte, ist erst recht bei Lipidomics gegeben, weil erstens Lipidomics eines der neusten Omics-Wissenschaften ist und zweitens wegen der hohen Heterogenität der Lipide.
In dieser Arbeit haben wir das ‚Phospholipidome‘ von Schweinelungenlavage und ausgeschiedenen Lipiden von zwei Arten von amniotischen Gewebe, die in verschiedenen Medien kultiviert wurden, mit einer Shotgun Lipidomics Methode, die normallerweise für Screening Verfahren verwendet wird, untersucht. Wir haben dabei nicht nur die Extraktionsmethode aufgesetzt, eine Methode für ESI und eine Methode für die MS2 eingeführt, sondern haben auch ein Programm für Lipid Identifikation installiert und verwendet. Die verwendete Software heißt LipidXplorer, ist gratis verfügbar und wird nicht nur von der Gruppe verwendet die sie geschrieben hat, sondern auch bei einigen anderen Lipidomics – Forschern. Sie erlaubt dem User erwartete Precursor und Fragmente zu definieren um MS-Experimente nach Hits zu filtern.
Nach gründlicher Analyse beider Proben – Arten haben wir die Proben verglichen. Da die Matrix der Proben große Unterschiede hat, war ein direkter Vergleich schwierig. Wir haben uns dazu entschieden die Ähnlichkeiten zu zeigen und die entdeckten Lipide zu erörtern.
Abstract (eng)
Lipidomics is a relatively new field of research, the term itself was used first in 2003 and since then has been used to describe experiments, which aim to analyze the lipid content of a sample. Ever since the first omics sciences emerged, namely the human genome project and the human proteome project, bioinformatics has become a crucial part of bio analytics. Many would claim that the bottleneck of modern omics research is the computer science, because of the shear amount of data created by modern analysis methods, especially mass spectrometry. The need for new computer science methods is especially high in lipidomics, because firstly this is one of the newest fields of the omics sciences and secondly because of the chemical heterogeneity of lipids.
In this study we analyzed the phospholipidome of pig lung lavage and excreted lipids from two kinds of amniotic tissue, which were cultivated in different media with a shotgun lipidomics approach, normally used for screening. We did not only set up the extraction method, establish an ESI spray mode and a method for MS2 analysis, but also installed and used an automated software for lipid identification. The used software is called LipidXplorer is freely available and is not only used by the group which programmed it, but by several other lipidomics researchers. It allows the user to define expected precursors and fragments of these precursors to filter experiments for hits.
After thorough analysis of both sample types, we compared the samples. Because of major differences in the sample matrix a direct comparison was difficult. We decided to show the found similarities and discuss the discovered lipids.
Keywords (eng)
amnionlunglavagephospholipidsLipidXplorerLipidomicsshotgunmassspectrometry
Keywords (deu)
AmnionLungeLavagePhospholipideLipidXplorerLipidomicsShotgunMassenspektrometrie
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
Extent (deu)
116 Seiten
Number of pages
116
Study plan
Masterstudium Chemie
[UA]
[066]
[862]
Association (deu)
Title (eng)
Establishment of a shotgun lipidomics platform
Parallel title (deu)
Die Einrichtung einer Shotgun Lipidomics Methode
Author
Florian Prodinger
Abstract (deu)
Lipidomics ist eine relativ neue wissenschaftliche Disziplin, der Term wurde 2003 das erst mal verwendet und wird seither benützt um Experimente zu beschrieben, die das Ziel haben die Lipid Zusammensetzung einer Probe zu analysieren. Seit den ersten großen Omics-Projekten, wie dem human genome project oder dem human proteome project, ist Bioinformatik ein wichtiger Teil der Bioanalytik geworden. Viele behaupten, dass die Informatik ein Engpass der modernen Omics-Wissenschaften ist, alleine wegen den riesigen Datenmengen die von modernen Analysemethoden, besonders der Massenspektrometrie, erzeugt werden. Die Notwendigkeit für neue Informatikkonzepte, ist erst recht bei Lipidomics gegeben, weil erstens Lipidomics eines der neusten Omics-Wissenschaften ist und zweitens wegen der hohen Heterogenität der Lipide.
In dieser Arbeit haben wir das ‚Phospholipidome‘ von Schweinelungenlavage und ausgeschiedenen Lipiden von zwei Arten von amniotischen Gewebe, die in verschiedenen Medien kultiviert wurden, mit einer Shotgun Lipidomics Methode, die normallerweise für Screening Verfahren verwendet wird, untersucht. Wir haben dabei nicht nur die Extraktionsmethode aufgesetzt, eine Methode für ESI und eine Methode für die MS2 eingeführt, sondern haben auch ein Programm für Lipid Identifikation installiert und verwendet. Die verwendete Software heißt LipidXplorer, ist gratis verfügbar und wird nicht nur von der Gruppe verwendet die sie geschrieben hat, sondern auch bei einigen anderen Lipidomics – Forschern. Sie erlaubt dem User erwartete Precursor und Fragmente zu definieren um MS-Experimente nach Hits zu filtern.
Nach gründlicher Analyse beider Proben – Arten haben wir die Proben verglichen. Da die Matrix der Proben große Unterschiede hat, war ein direkter Vergleich schwierig. Wir haben uns dazu entschieden die Ähnlichkeiten zu zeigen und die entdeckten Lipide zu erörtern.
Abstract (eng)
Lipidomics is a relatively new field of research, the term itself was used first in 2003 and since then has been used to describe experiments, which aim to analyze the lipid content of a sample. Ever since the first omics sciences emerged, namely the human genome project and the human proteome project, bioinformatics has become a crucial part of bio analytics. Many would claim that the bottleneck of modern omics research is the computer science, because of the shear amount of data created by modern analysis methods, especially mass spectrometry. The need for new computer science methods is especially high in lipidomics, because firstly this is one of the newest fields of the omics sciences and secondly because of the chemical heterogeneity of lipids.
In this study we analyzed the phospholipidome of pig lung lavage and excreted lipids from two kinds of amniotic tissue, which were cultivated in different media with a shotgun lipidomics approach, normally used for screening. We did not only set up the extraction method, establish an ESI spray mode and a method for MS2 analysis, but also installed and used an automated software for lipid identification. The used software is called LipidXplorer is freely available and is not only used by the group which programmed it, but by several other lipidomics researchers. It allows the user to define expected precursors and fragments of these precursors to filter experiments for hits.
After thorough analysis of both sample types, we compared the samples. Because of major differences in the sample matrix a direct comparison was difficult. We decided to show the found similarities and discuss the discovered lipids.
Keywords (eng)
amnionlunglavagephospholipidsLipidXplorerLipidomicsshotgunmassspectrometry
Keywords (deu)
AmnionLungeLavagePhospholipideLipidXplorerLipidomicsShotgunMassenspektrometrie
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
Number of pages
116
Association (deu)
License
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Persistent identifier
https://phaidra.univie.ac.at/o:1328317Handle
https://hdl.handle.net/11353/10.1328317URN
https://nbn-resolving.org/nbn:at:at-ubw:1-29783.67458.971864-9 - Other links
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