Title (eng)
Dimensional reduction through metric pseudotime
interfering developmental processes from single cell RNA sequence data samples
Parallel title (deu)
Dimensionsreduktion durch metrische Pseudozeit
Author
Christiane Puchhammer
Advisor
Stefan Thurner
Assessor
Stefan Thurner
Abstract (deu)
In dieser Arbeit analysieren wir ein Set aus Daten, das mithilfe von Einzelzell-RNA-Seqenzierung erhoben wurde und die Entwicklung des Nebennierenmarks bei der Entstehung von Mausembryonen beschreibt. Wir verwenden Methoden die sowohl inder Physik als auch in den Komplexitätswissenschaften verwendet werden, um, wenn möglich, neue Erkenntnisse über die zeitliche Struktur der Genregulation in diesemEntwicklungsprozess zu erhalten. Hauptsächlich aber testen wir dabei, ob RNA-Sequenzierungsdaten aussagekräftig genug sind, um ein Differentialgleichungssystemmit den Daten zu fitten. Wir nehmen an, dass ein Entwicklungsprozess durch einelinearisierte Differentialgleichung mit der nichtlinearen Bedingung, dass die Menge einer Spezies positiv sein muss, beschrieben werden kann.
Abstract (eng)
In this work we analyse a set of single cell RNA sequencing data that describes the development of the adrenal medulla in the genesis of mouse embryos. We use methods in the overlap of physics and complex science to gain new insights into the temporal structure of gene regulation during such developmental processes if possible, but mainly to test whether RNA sequencing data is sufficiently informative to fit an ODE model to the data. We assume that a developmental process can bedescribed by a linearized differential equation with a non-linear constraint forcing the species abundances to remain positive.
Keywords (eng)
dimensional reductionpseudotimecell differentiationgene regulatory processesfunctional optimization
Keywords (deu)
DimensionsreduktionPseudozeitZellteilunggenetische RegulationFunktionaloptimierung
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
Extent (deu)
51 Seiten
Number of pages
51
Study plan
Masterstudium Physik
[UA]
[066]
[876]
Association (deu)
Title (eng)
Dimensional reduction through metric pseudotime
interfering developmental processes from single cell RNA sequence data samples
Parallel title (deu)
Dimensionsreduktion durch metrische Pseudozeit
Author
Christiane Puchhammer
Abstract (deu)
In dieser Arbeit analysieren wir ein Set aus Daten, das mithilfe von Einzelzell-RNA-Seqenzierung erhoben wurde und die Entwicklung des Nebennierenmarks bei der Entstehung von Mausembryonen beschreibt. Wir verwenden Methoden die sowohl inder Physik als auch in den Komplexitätswissenschaften verwendet werden, um, wenn möglich, neue Erkenntnisse über die zeitliche Struktur der Genregulation in diesemEntwicklungsprozess zu erhalten. Hauptsächlich aber testen wir dabei, ob RNA-Sequenzierungsdaten aussagekräftig genug sind, um ein Differentialgleichungssystemmit den Daten zu fitten. Wir nehmen an, dass ein Entwicklungsprozess durch einelinearisierte Differentialgleichung mit der nichtlinearen Bedingung, dass die Menge einer Spezies positiv sein muss, beschrieben werden kann.
Abstract (eng)
In this work we analyse a set of single cell RNA sequencing data that describes the development of the adrenal medulla in the genesis of mouse embryos. We use methods in the overlap of physics and complex science to gain new insights into the temporal structure of gene regulation during such developmental processes if possible, but mainly to test whether RNA sequencing data is sufficiently informative to fit an ODE model to the data. We assume that a developmental process can bedescribed by a linearized differential equation with a non-linear constraint forcing the species abundances to remain positive.
Keywords (eng)
dimensional reductionpseudotimecell differentiationgene regulatory processesfunctional optimization
Keywords (deu)
DimensionsreduktionPseudozeitZellteilunggenetische RegulationFunktionaloptimierung
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
Number of pages
51
Association (deu)
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