Title (deu)
Entwicklung von Pyrosequenziermethoden zur Untersuchung des Methylierungsstatus des Promotors und des zweiten Exons von p16
Author
Andreas Jenik
Advisor
Margit Cichna-Markl
Assessor
Margit Cichna-Markl
Abstract (deu)
Veränderungen des Methylierungsstatus definierter Regionen der DNA wurden mit zellulärer Seneszenz, Apoptose und verschiedenen Krankheiten assoziiert. Abweichungen im DNA-Methylierungsstatus im Promotor des Gens CDKN2A, welches das Tumorsuppressorprotein p16 codiert, treten früh in der Kanzerogenese auf. Während eine Hypermethylierung des Promotors häufig zu einer Stilllegung des Gens führt, weiß man über den Zusammenhang zwischen dem Methylierungsgrad in Exons und dem Ausmaß der Genexpression noch wenig.
Im Rahmen dieser Arbeit wurden Pyrosequenziermethoden zur Bestimmung des Methylierungsstatus von sieben CpGs im CDKN2A-Promotor und elf CpGs in Exon 2 von CDKN2A entwickelt. Mittels Pyrosequenzierung kann der Methylierungsstatus einzelner CpGs in der Zielregion bestimmt werden.
Zur Testung der Leistungsfähigkeit wurden die Methoden auf sieben kommerzielle Brustkrebszelllinien (MCF-7, BT20/HTB19, T47D, ZR-75-1, SKBR 3/38, MDA-MB-231, MDA-MB-468) angewandt. MCF-7, MDA-MB-468, SKBR 3/38 und BT20/HTB19 wiesen einen unmethylierten Promotor auf. In ZR-75-1 war der Promotor niedrig und heterogen, in T47D hoch methyliert. Bei MDA-MB-231 konnte der Methylierungsstatus nicht bestimmt werden. Generell war Exon 2 von CDKN2A deutlich höher methyliert als der Promotor. In MDA-MB-468 war Exon 2 heterogen methyliert. Eine Korrelation mit der Genexpression von CDKN2A wurde für die Methylierungsstatus beider Regionen nicht beobachtet. Für MDA-MB-231, MCF-7 und BT20/HTB19 konnte das Ausmaß der Genexpression nicht bestimmt werden, wahrscheinlich aufgrund homozygoter Deletion von p16.
Die Pyrosequenziermethoden wurden auch auf HUVECs (Endothelzellen aus humanen Nabelschnurvenen) angewandt, welche mit H2O2 bzw. Tumornekrosefaktor-α bis zu 12 Tage lang behandelt wurden. Unabhängig von Behandlungsart und -dauer war der CDKN2A-Promotor unmethyliert während Exon 2 heterogen methyliert war. Auf die relative Genexpression von p16 hatte die Behandlung mit H2O2 bzw. Tumornekrosefaktor-α keinen Einfluss.
Keywords (deu)
CDKN2Ap16DNA-MethylierungEpigenetikCpGsPyrosequenzierungBisulfitkonversionSeneszenzBrustkrebs
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
https://phaidra.univie.ac.at/o:1396005
rdau:P60550 (deu)
86, XX Seiten : Illustrationen, Diagramme
Number of pages
110
Study plan
Lehramtsstudium UF Chemie UF Biologie und Umweltkunde
[UA]
[190]
[423]
[445]
Association (deu)
Title (deu)
Entwicklung von Pyrosequenziermethoden zur Untersuchung des Methylierungsstatus des Promotors und des zweiten Exons von p16
Author
Andreas Jenik
Abstract (deu)
Veränderungen des Methylierungsstatus definierter Regionen der DNA wurden mit zellulärer Seneszenz, Apoptose und verschiedenen Krankheiten assoziiert. Abweichungen im DNA-Methylierungsstatus im Promotor des Gens CDKN2A, welches das Tumorsuppressorprotein p16 codiert, treten früh in der Kanzerogenese auf. Während eine Hypermethylierung des Promotors häufig zu einer Stilllegung des Gens führt, weiß man über den Zusammenhang zwischen dem Methylierungsgrad in Exons und dem Ausmaß der Genexpression noch wenig.
Im Rahmen dieser Arbeit wurden Pyrosequenziermethoden zur Bestimmung des Methylierungsstatus von sieben CpGs im CDKN2A-Promotor und elf CpGs in Exon 2 von CDKN2A entwickelt. Mittels Pyrosequenzierung kann der Methylierungsstatus einzelner CpGs in der Zielregion bestimmt werden.
Zur Testung der Leistungsfähigkeit wurden die Methoden auf sieben kommerzielle Brustkrebszelllinien (MCF-7, BT20/HTB19, T47D, ZR-75-1, SKBR 3/38, MDA-MB-231, MDA-MB-468) angewandt. MCF-7, MDA-MB-468, SKBR 3/38 und BT20/HTB19 wiesen einen unmethylierten Promotor auf. In ZR-75-1 war der Promotor niedrig und heterogen, in T47D hoch methyliert. Bei MDA-MB-231 konnte der Methylierungsstatus nicht bestimmt werden. Generell war Exon 2 von CDKN2A deutlich höher methyliert als der Promotor. In MDA-MB-468 war Exon 2 heterogen methyliert. Eine Korrelation mit der Genexpression von CDKN2A wurde für die Methylierungsstatus beider Regionen nicht beobachtet. Für MDA-MB-231, MCF-7 und BT20/HTB19 konnte das Ausmaß der Genexpression nicht bestimmt werden, wahrscheinlich aufgrund homozygoter Deletion von p16.
Die Pyrosequenziermethoden wurden auch auf HUVECs (Endothelzellen aus humanen Nabelschnurvenen) angewandt, welche mit H2O2 bzw. Tumornekrosefaktor-α bis zu 12 Tage lang behandelt wurden. Unabhängig von Behandlungsart und -dauer war der CDKN2A-Promotor unmethyliert während Exon 2 heterogen methyliert war. Auf die relative Genexpression von p16 hatte die Behandlung mit H2O2 bzw. Tumornekrosefaktor-α keinen Einfluss.
Keywords (deu)
CDKN2Ap16DNA-MethylierungEpigenetikCpGsPyrosequenzierungBisulfitkonversionSeneszenzBrustkrebs
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
https://phaidra.univie.ac.at/o:1396006
Number of pages
110
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