Abstract (deu)
Die Analyse der Sequenzen von phylogenetischen Bäumen ist keine leichte Aufgabe. Insbesondere die Unterschiede zwischen benachbarten Bäumen können erheblich sein. Solche Baumsequenzen könnten durch die Rekonstruktion von Bäumen für gleitende Fenster entlang genomischer Alignments entstehen, z. B. um Rekombinationsereignisse zu erkennen. Eine andere Quelle könnten die Baumsequenzen sein, die bei einer Baumsuche während einer phylogenetischen Analyse gefunden wurden. Nachdem man solche Baumsequenzen erhalten hat, ist es mühsam, benachbarte Baumpaare manuell zu analysieren und größere Übergänge, Veränderungen oder Rekombinationsereignisse zu erkennen.
Das Hauptprojekt konzentriert sich auf die Entwicklung eines Werkzeugs zur dynamischen Visualisierung von phylogenetischen Bäumen in Form eines Mediaplayers. Dieser Player ermöglicht es, dynamisch durch eine Sequenz von Bäumen zu blättern. Wir haben dieses Tool Phylo-Movies genannt.
Da es schwierig ist, Unterschiede zwischen den beiden Bäumen zu erkennen, haben wir Wege gefunden, Veränderungen in den Baumtopologien hervorzuheben, so dass der Benutzer die wesentlichen Veränderungen leicht erkennen kann. Ohne einen vorteilhaften visuellen Übergang mit Hilfe von Zwischenstufen zwischen benachbarten Bäumen ist es schwierig, die Unterschiede zwischen zwei Bäumen zu erkennen, da das bloße Auge Probleme hat, sie zu identifizieren. Durch die Einfärbung wird es für den Benutzer einfacher zu erkennen, wo Umschichtungen stattfinden. Durch die Kombination von Einfärbung und Zwischenschritten ist es für das Auge einfacher, offensichtliche Unterschiede beim Übergang zu erkennen. Wir testen das Tool durch die Analyse von Baumsequenzen, die aus simulierten und realen Daten erzeugt wurden.
Wir diskutieren die technische Umsetzung mit Hilfe der Frontend-Backend-Struktur und die Technologien, die zur Entwicklung unseres Tools namens Phylo-Movies verwendet wurden.
Darüber hinaus analysieren wir drei verschiedene Sequenzen unterschiedlichen Ursprungs und zeigen die Nutzbarkeit von Phylo-Movies.
Abschließend diskutieren wir einige zukünftige Erweiterungen, die zur weiteren Verbesserung von Phylo-Movies durchgeführt werden können.