Title (eng)
Genetic characterization of patient derived bladder cancer cell models
Parallel title (deu)
Genetische Charakterisierung von patientenabgeleiteten Blasenkrebszellmodellen
Author
Emily Aline Grubb
Advisor
Thomas Rattei
Assessor
Thomas Rattei
Abstract (deu)
Die Heterogenität von Blasenkrebses stellt eine bedeutende Herausforderung für die Entwicklung wirksamer Behandlungen dar. In der Vergangenheit fehlte es an Modellen, die die Biologie dieser Krankheit in situ präzise nachbilden konnten. Um die Entwicklung von Therapien zu fördern und das allgemeine Verständnis der Tumorbiologie zu vertiefen, wurden primäre, von Patienten stammende Zellmodelle entwickelt. Von diesen Modellen wurden 42 einer vollständigen Exom-Sequenzierung unterzogen, um jedes Modell auf genetischer Ebene durch die Identifizierung von Mutationen und Kopiezahlvariation zu charakterisieren. Zu diesem Zweck Hierfür, wurden bioinformatische Werkzeuge mit verschiedenem Parameter sorgfältig getestet, um die Verarbeitung der Daten zu optimieren. Die Ergebnisse bestätigten die Heterogenität der verschiedenen Blasenkrebsmodellen und werden zweifellos von großem Nutzen bei künftigen Projekten zur Bewertung neuer therapeutischer Ansätze und der Erforschung von Resistenzmechanismen dieser Krankheit sein.
Abstract (eng)
The heterogeneity of bladder cancer presents a huge challenge to develop effective treatments. Historically, there has been a lack of models that faithfully recapitulate the disease biology in situ. To improve treatment discovery, as well as general understanding of tumor biology, primary patient derived cell models had been generated. 42 of these models were subjected to whole exome sequencing with the aim to genetically characterize each model by identifying mutations and copy number alterations. To achieve this aim, bioinformatic tools and parameters within these tools were tested to optimize the workflow for processing this data. The results confirmed the heterogeneity between the different bladder cancer models and will no doubt be helpful in future projects assessing novel therapeutic avenues and resistance mechanisms of the disease.
Keywords (deu)
BlasenkrebsesExom-SequenzierungMutationenKopiezahlvariationBioinformatik
Keywords (eng)
Bladder cancerExome sequencingMutationsCopy number alterationsBioinformatics
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
https://phaidra.univie.ac.at/o:1955668
rdau:P60550 (deu)
54 Seiten : Illustrationen
Number of pages
54
Association (deu)
Title (eng)
Genetic characterization of patient derived bladder cancer cell models
Parallel title (deu)
Genetische Charakterisierung von patientenabgeleiteten Blasenkrebszellmodellen
Author
Emily Aline Grubb
Abstract (deu)
Die Heterogenität von Blasenkrebses stellt eine bedeutende Herausforderung für die Entwicklung wirksamer Behandlungen dar. In der Vergangenheit fehlte es an Modellen, die die Biologie dieser Krankheit in situ präzise nachbilden konnten. Um die Entwicklung von Therapien zu fördern und das allgemeine Verständnis der Tumorbiologie zu vertiefen, wurden primäre, von Patienten stammende Zellmodelle entwickelt. Von diesen Modellen wurden 42 einer vollständigen Exom-Sequenzierung unterzogen, um jedes Modell auf genetischer Ebene durch die Identifizierung von Mutationen und Kopiezahlvariation zu charakterisieren. Zu diesem Zweck Hierfür, wurden bioinformatische Werkzeuge mit verschiedenem Parameter sorgfältig getestet, um die Verarbeitung der Daten zu optimieren. Die Ergebnisse bestätigten die Heterogenität der verschiedenen Blasenkrebsmodellen und werden zweifellos von großem Nutzen bei künftigen Projekten zur Bewertung neuer therapeutischer Ansätze und der Erforschung von Resistenzmechanismen dieser Krankheit sein.
Abstract (eng)
The heterogeneity of bladder cancer presents a huge challenge to develop effective treatments. Historically, there has been a lack of models that faithfully recapitulate the disease biology in situ. To improve treatment discovery, as well as general understanding of tumor biology, primary patient derived cell models had been generated. 42 of these models were subjected to whole exome sequencing with the aim to genetically characterize each model by identifying mutations and copy number alterations. To achieve this aim, bioinformatic tools and parameters within these tools were tested to optimize the workflow for processing this data. The results confirmed the heterogeneity between the different bladder cancer models and will no doubt be helpful in future projects assessing novel therapeutic avenues and resistance mechanisms of the disease.
Keywords (deu)
BlasenkrebsesExom-SequenzierungMutationenKopiezahlvariationBioinformatik
Keywords (eng)
Bladder cancerExome sequencingMutationsCopy number alterationsBioinformatics
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
https://phaidra.univie.ac.at/o:1988904
Number of pages
54
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