Title (eng)
Decoding the molecular landscape of HPV-associated cancers
integrative analysis of HPV transcriptome profiling using RNASeq
Parallel title (deu)
Entschlüsselung der molekularen Landschaft von HPV-assoziierten Krebserkrankungen
integrative Analyse des HPV-Transkriptom-Profils mit RNASeq
Author
Ella Kathleen Cassidy
Advisor
Oleg Simakov
Assessor
Oleg Simakov
Abstract (deu)
Diese Arbeit konzentriert sich auf Plattenepithelkarzinome im Spätstadium, welche mit dem Humanen Papillomavirus (HPV) assoziiert sind und nutzt RNAseq-Daten für eine Untersuchung der daraus resultierenden molekularen Landschaft. Die Analyse deckt komplexe Wechselwirkungen zwischen PPAR-Signalen, HPV-Genexpression und anderen wichtigen Signalwegen auf, welche das Ansprechen auf eine medizinische Behandlung beeinflussen. Die in dieser Arbeit präsentierten Ergebnisse deuten darauf hin, dass eine Hochregulierung von PPAR in Verbindung mit einer Herunterregulierung von HPV-Genen zu schlechteren Behandlungsergebnissen beitragen kann. Obwohl HPV nachweislich karzinogen ist, korreliert sein Vorhandensein im Allgemeinen mit einem besseren Ansprechen auf eine Behandlung. Das festgestellte Zusammenspiel zwischen PPAR- und HPV-Genen gewinnt insbesondere im Zusammenhang mit der Einbeziehung des PPAR-Signalwegs in Modellen zur Vorhersage der Behandlungsergebnisse bei Gebärmutterhalskrebs an Bedeutung. Diese Entdeckung veranlasst weitere Erforschung potenzieller Synergien zwischen PPAR-Signalen und den Expressionsprofilen HPV-assoziierter Gene. Sie beleuchtet ein komplexes Zusammenspiel im molekularen Rahmen von Vorhersagemodellen für Gebärmutterhalskrebs und zeigt einen vielversprechenden Weg für eine intensivere Untersuchung der komplizierten Beziehungen auf, welche das Ansprechen auf die Behandlung von HPV-assoziierten Krebsarten bestimmen. Darüber hinaus hebt diese Studie die Überexpression von Cytochrom P450 und die erkennbare Hochregulierung des PI3K-Akt-Signalweges in bestimmten Patientengruppen hervor. Dies unterstreicht die Vielschichtigkeit der molekularen Veränderungen die mit HPV-induzierten Krebserkrankungen einhergehen und verdeutlicht die Notwendigkeit eines umfassenden Verständnisses dieser Dynamiken um gezielte therapeutische Strategien zu entwickeln.
Abstract (eng)
Focusing on late-stage squamous cell carcinomas associated with Human Papillomavirus (HPV), this thesis utilizes RNAseq data for an in-depth exploration of the molecular landscape. The analysis uncovers intricate interactions involving PPAR signalling, HPV gene expression, and other key pathways that influence treatment responses. The findings suggest an upregulation of PPAR, coupled with a downregulation of HPV genes, may contribute to less favourable treatment outcomes. Despite HPV's well-established carcinogenicity, its presence generally correlates with improved treatment responses. The identified interplay between PPAR and HPV genes gains significance, especially within the context of incorporating the PPAR pathway into models predicting outcomes in cervical cancer. This discovery prompts further exploration of potential synergies between PPAR signalling and the expression profiles of HPV-associated genes. It illuminates a complex interplay in the molecular framework of cervical cancer prediction models, presenting a compelling avenue for deeper investigation into the intricate relationships shaping treatment responses in HPV-associated cancers. Additionally, this study highlights the overexpression of cytochrome P450 and discernible upregulation of the PI3K-Akt signalling pathway in specific clusters. This underscores the multifaceted nature of molecular alterations in HPV-induced cancers, and emphasizes the need for a comprehensive understanding to inform targeted therapeutic strategies.
Keywords (deu)
HPV16PlattenepithelkarzinomRNAseqGebärmutterhalskrebs
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
Extent (deu)
45 Seiten : Illustrationen
Number of pages
45
Study plan
Joint-Masterstudium Evolutionary Systems Biology
[UA]
[066]
[220]
Association (deu)
Title (eng)
Decoding the molecular landscape of HPV-associated cancers
integrative analysis of HPV transcriptome profiling using RNASeq
Parallel title (deu)
Entschlüsselung der molekularen Landschaft von HPV-assoziierten Krebserkrankungen
integrative Analyse des HPV-Transkriptom-Profils mit RNASeq
Author
Ella Kathleen Cassidy
Abstract (deu)
Diese Arbeit konzentriert sich auf Plattenepithelkarzinome im Spätstadium, welche mit dem Humanen Papillomavirus (HPV) assoziiert sind und nutzt RNAseq-Daten für eine Untersuchung der daraus resultierenden molekularen Landschaft. Die Analyse deckt komplexe Wechselwirkungen zwischen PPAR-Signalen, HPV-Genexpression und anderen wichtigen Signalwegen auf, welche das Ansprechen auf eine medizinische Behandlung beeinflussen. Die in dieser Arbeit präsentierten Ergebnisse deuten darauf hin, dass eine Hochregulierung von PPAR in Verbindung mit einer Herunterregulierung von HPV-Genen zu schlechteren Behandlungsergebnissen beitragen kann. Obwohl HPV nachweislich karzinogen ist, korreliert sein Vorhandensein im Allgemeinen mit einem besseren Ansprechen auf eine Behandlung. Das festgestellte Zusammenspiel zwischen PPAR- und HPV-Genen gewinnt insbesondere im Zusammenhang mit der Einbeziehung des PPAR-Signalwegs in Modellen zur Vorhersage der Behandlungsergebnisse bei Gebärmutterhalskrebs an Bedeutung. Diese Entdeckung veranlasst weitere Erforschung potenzieller Synergien zwischen PPAR-Signalen und den Expressionsprofilen HPV-assoziierter Gene. Sie beleuchtet ein komplexes Zusammenspiel im molekularen Rahmen von Vorhersagemodellen für Gebärmutterhalskrebs und zeigt einen vielversprechenden Weg für eine intensivere Untersuchung der komplizierten Beziehungen auf, welche das Ansprechen auf die Behandlung von HPV-assoziierten Krebsarten bestimmen. Darüber hinaus hebt diese Studie die Überexpression von Cytochrom P450 und die erkennbare Hochregulierung des PI3K-Akt-Signalweges in bestimmten Patientengruppen hervor. Dies unterstreicht die Vielschichtigkeit der molekularen Veränderungen die mit HPV-induzierten Krebserkrankungen einhergehen und verdeutlicht die Notwendigkeit eines umfassenden Verständnisses dieser Dynamiken um gezielte therapeutische Strategien zu entwickeln.
Abstract (eng)
Focusing on late-stage squamous cell carcinomas associated with Human Papillomavirus (HPV), this thesis utilizes RNAseq data for an in-depth exploration of the molecular landscape. The analysis uncovers intricate interactions involving PPAR signalling, HPV gene expression, and other key pathways that influence treatment responses. The findings suggest an upregulation of PPAR, coupled with a downregulation of HPV genes, may contribute to less favourable treatment outcomes. Despite HPV's well-established carcinogenicity, its presence generally correlates with improved treatment responses. The identified interplay between PPAR and HPV genes gains significance, especially within the context of incorporating the PPAR pathway into models predicting outcomes in cervical cancer. This discovery prompts further exploration of potential synergies between PPAR signalling and the expression profiles of HPV-associated genes. It illuminates a complex interplay in the molecular framework of cervical cancer prediction models, presenting a compelling avenue for deeper investigation into the intricate relationships shaping treatment responses in HPV-associated cancers. Additionally, this study highlights the overexpression of cytochrome P450 and discernible upregulation of the PI3K-Akt signalling pathway in specific clusters. This underscores the multifaceted nature of molecular alterations in HPV-induced cancers, and emphasizes the need for a comprehensive understanding to inform targeted therapeutic strategies.
Keywords (deu)
HPV16PlattenepithelkarzinomRNAseqGebärmutterhalskrebs
Subject (deu)
Subject (deu)
Subject (deu)
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Type (deu)
Persistent identifier
Number of pages
45
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