Title (eng)
Resolving the structure and function of the intestinal microbiota at a fine spatial scale
Author
Owen Williams
Advisor
Alex Loy
Co-Advisor
David Berry
Assessor
Alex Loy
Abstract (deu)
Mit der vorliegenden Studie wollen wir das Verständnis von Darm Mikrobiome, bei Menschen und
Mäusen, erweitern. Dafür haben wir die Anwendung des neuen Fixative Dithiobis (succinimidyl
propionate) (DSP) erforscht. Hierfür haben wir Histologie Proben mit einem Fluorescence in situ
hybridisation (FISH), mit dem Schwerpunkt auf den Schleim-verbündete Bakterien Akkermansia
muciniphila, prepariert. Das Experiment wurde durchgeführt, indem wir das Biovolumen und die
Intensität von FISH Signalen von Histologie Proben, fixiert mit DSP, mit Proben unter der Anwendung der
Standard Fixative für solche Protocolen Paraformaldehyde (PFA)verglichen haben. Wegen DSP’s
reversiblen Eigenschaften als Fixativ konnten wir, durch Laser Assisted Micro-Dissection Microscopy
(LMD), DNA extrahieren und die Gensequenzierung von 16S rRNA durchführen. Wir haben auch versucht
eine neuartige FISH Sonde zur Anwendung gegen die Allobaculum Familie zu designen, da diese
Familie oftmals die Werte der Diäten von Mäusen in Experimenten erhöhen. Als abschließenden Schritt
hoffen wir, in Zusammenarbeit mit unseren Kollegen von der Fakultät der Lebensmittelchemie und
Toxikologie an der Universität Wien, unser Verständnis über die Veränderung von bakteriellen
Gemeinschaften in menschlichen Stuhlproben unter den Bedingungen einer Diät mit erhöhter
Konzentration von Anthoncyanin, zu erweitern.
Wir konnten aufzeigen das DSP in bestimmten Situationen ein nützliches Fixative für FISH ist, da
die Ergebnisse vergleichbar mit denen des Standard Fixativ PFA sind. DSP kann auch Proben Fixieren für
Immune-Histologie Protocole. Wir konnten Genetisches Material von Mäusedärmen extrahieren, die mit
DSP angereichert wurden. Dadurch konnten wir Änderungen von bakteriellen Gemeinschaften bei
67
Mäusedärmen, unter dem Einfluss von zwei verschiedenen Diäten, feststellen. Diese beweist die
Nützlichkeit von DSP, als ein reversible FISH Fixativ. Gleichfalls wurden die 16S rRNA Gene von
menschlichen Stuhlproben, von Spendern welche auf einer Diät mit erhörten Anthocyanin
Konzentrationen sind, sequenziert. Diese Ergebnisse sind aber außerhalb des Rahmens dieser Studie.
Keywords (eng)
MicrobiologyFISHMicrobiomeDSPGut Bacteria
Keywords (deu)
MikrobiologieFISHMikrobiomeDSPDarm Bakterien
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
Extent (deu)
74 Seiten : Illustrationen
Number of pages
74
Study plan
Masterstudium Molekulare Mikrobiologie, Mikrobielle Ökologie und Immunbiologie
[UA]
[066]
[830]
Association (deu)
Title (eng)
Resolving the structure and function of the intestinal microbiota at a fine spatial scale
Author
Owen Williams
Abstract (deu)
Mit der vorliegenden Studie wollen wir das Verständnis von Darm Mikrobiome, bei Menschen und
Mäusen, erweitern. Dafür haben wir die Anwendung des neuen Fixative Dithiobis (succinimidyl
propionate) (DSP) erforscht. Hierfür haben wir Histologie Proben mit einem Fluorescence in situ
hybridisation (FISH), mit dem Schwerpunkt auf den Schleim-verbündete Bakterien Akkermansia
muciniphila, prepariert. Das Experiment wurde durchgeführt, indem wir das Biovolumen und die
Intensität von FISH Signalen von Histologie Proben, fixiert mit DSP, mit Proben unter der Anwendung der
Standard Fixative für solche Protocolen Paraformaldehyde (PFA)verglichen haben. Wegen DSP’s
reversiblen Eigenschaften als Fixativ konnten wir, durch Laser Assisted Micro-Dissection Microscopy
(LMD), DNA extrahieren und die Gensequenzierung von 16S rRNA durchführen. Wir haben auch versucht
eine neuartige FISH Sonde zur Anwendung gegen die Allobaculum Familie zu designen, da diese
Familie oftmals die Werte der Diäten von Mäusen in Experimenten erhöhen. Als abschließenden Schritt
hoffen wir, in Zusammenarbeit mit unseren Kollegen von der Fakultät der Lebensmittelchemie und
Toxikologie an der Universität Wien, unser Verständnis über die Veränderung von bakteriellen
Gemeinschaften in menschlichen Stuhlproben unter den Bedingungen einer Diät mit erhöhter
Konzentration von Anthoncyanin, zu erweitern.
Wir konnten aufzeigen das DSP in bestimmten Situationen ein nützliches Fixative für FISH ist, da
die Ergebnisse vergleichbar mit denen des Standard Fixativ PFA sind. DSP kann auch Proben Fixieren für
Immune-Histologie Protocole. Wir konnten Genetisches Material von Mäusedärmen extrahieren, die mit
DSP angereichert wurden. Dadurch konnten wir Änderungen von bakteriellen Gemeinschaften bei
67
Mäusedärmen, unter dem Einfluss von zwei verschiedenen Diäten, feststellen. Diese beweist die
Nützlichkeit von DSP, als ein reversible FISH Fixativ. Gleichfalls wurden die 16S rRNA Gene von
menschlichen Stuhlproben, von Spendern welche auf einer Diät mit erhörten Anthocyanin
Konzentrationen sind, sequenziert. Diese Ergebnisse sind aber außerhalb des Rahmens dieser Studie.
Keywords (eng)
MicrobiologyFISHMicrobiomeDSPGut Bacteria
Keywords (deu)
MikrobiologieFISHMikrobiomeDSPDarm Bakterien
Subject (deu)
Type (deu)
Persistent identifier
Number of pages
74
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