Der Konfessionskonflikt, der neben sozialen Spannungen im 16. und 17. Jahrhundert in Europa Unruhen und Krieg auslöste, wirkte sich auch auf das Leben im Stift Melk und den umliegenden Herrschaften aus. Ein signifikanter Bevölkerungsteil des Ortes wandte sich ab etwa 1550 dem Luthertum zu und verlangte nach Mitsprache in Glaubensfragen. Auch viele der Bediensteten im Kloster waren dem Protestantismus zugetan, was zu Konflikten mit den Konventualen führte. Da die Reformatoren eine stark antimonastische Einstellung pflegten, fiel es dem Kloster schwer neue Ordensgeistliche aufzunehmen. Darüber hinaus kam es zu Konflikten und in einigen Fällen zu gewalttätigen Ausschreitungen zwischen den protestantischen Marktbewohnern und dem Pfarrer. Neben der Kirchenspaltung kam es aber auch zu Vermischungen zwischen katholischen und protestantischen Bräuchen. Vielen Zeitgenossen waren die Unterschiede und Abgrenzungen zwischen den Konfessionen nicht klar. Der Melker Abt war gleichzeitig Stiftsvorsteher sowie Markt- und Grundherr von Melk gewesen, beide Aufgabenbereiche waren nicht immer leicht zu vereinen: Er musste für die Aufrechterhaltung des katholischen Glaubens in Stift und Ort sorgen, als Grundherr hatte er aber auch die Verantwortung für das harmonische Zusammenleben und die wirtschaftliche Situation der ihm anvertrauten Untertanen. In der Konfessionalisierungszeit waren sowohl die habsburgischen Landesfürsten als auch die Äbte und die weltlichen Grundherren zu Konzessionen gezwungen: Im Falle Melks war es nicht möglich, nur katholische Diener im Kloster anzustellen und als Grund- und Marktherren wollte die Melker Äbte Auswanderungen protestantischer Untertanen möglichst vermeiden. In Melk begann die Rekatholisierung mit der Amtszeit des Abtes Caspar Hofmann 1587. Dieser konnte den Verfall des Klosters durch verbesserte Buchführung, Ausbildung der Konventualen und strenge Überwachung der Klosterdisziplin heben. Nicht zufällig decken sich die Erfolge des Gegenreformators Hofmann mit der Vorantreibung der Gegenreformation von landesfürstlicher Seite seit 1576. Die Klostererneuerung Hofmanns war so erfolgreich gewesen, dass man nach 1600 kaum noch Konfessionskonflikte in den Melker Akten findet. Bei der Belagerung Melks durch aufständische Protestanten 1619 waren keine Marktbewohner interessiert sich den Angreifern anzuschließen.